דוקטרינת הגנה מן הצדק מקורה בפסיקה. רק בשנת 2007, נוספה הוראת חוק שמעגנת אותה בחקיקה והיא הוראת סעיף 149(10) לחסד"פ [נוסח משולב], תשמ"ב- 1982.
זוהי דוקטרינה שהתפתחה במדינות לא חוקתיות כדוגמת אנגליה, שם בהיעדר חוקה שמעגנת זכויות שבהפרתן יבוא סעד חוקתי של בטלות ראיות,בתי המשפט פיתחו דוקטרינות המאפשרות לסייע לחשודים ונאשמים שפגעו בזכותם להליך פלילי ראוי לקבל איזשהו סעד וזאת באמצעות דוקטרינת ההשתק ודיני תום הלב. השתק משמעו שהמדינה מנועה מלהעמיד לדין אדם עקב התנהגות נלוזה או פוגענית מצד המדינה כלפיו.
בארץ, נידונה הדוקטרינה של הגנה מן הצדק בע"פ 2910/94 ארנסט יפת נ' מדינת ישראל, פד"י נ (2) 353 שידועה גם בכינויה "פרשת ויסות מניות הבנקים" או "פרשת הבנקאים" שעניינה העמדתם לדין של ראשי הבנקים לאחר מפולת מניות הבנקים בשנות ה- 80. באותה התקופה הבנקים העניקו הלוואות בריבית מאוד נמוכה לצורך רכישת מניות הבנקים עצמם. לאחר שהבורסה קרסה, אנשים רבים יצאו נפסדים. אותם נאשמים הואשמו בעבירות של ויסות מניות הבנקים ובהשפעה במרמה על ערכו של נייר ערך.
הטענה של הגנה מן הצדק הועלתה על ידי הנאשמים, רצו להשתיק את המדינה משום התנהלותה הלוקה בעניין, שידעה על פעילות הבנקים ואפשרה זאת.
בהמ"ש דן בטענה לגופו של עניין ואומר כי ניתן יהא להשתמש בטענת הגנה מן הצדק: "המבחן הקובע הוא מבחן ההתנהגות הבלתי נסבלת של הרשות, היינו, התנהגות שערורייתית שיש בה משום רדיפה, דיכוי, והתעמרות בנאשם, מדובר במקרים בהם... טענה מסוג זה תעלה ותתקבל במקרים נדירים ביותר ואין להעלותה כדבר שבשגרה ובענייני דיומא סתם".
נוצר מצב מעניין ששופטים בבתי המשפט השלום והמחוזי שהם פרו נאשמים קבלו את הטענה כשהועלתה, שופטים אחרים חיכו לפס"ד של בהמ"ש העליון בו ההגנה תתקבל ותאושר.
השינוי הגדול בהגנה מן הצדק חל בע"פ 4855/02 מדינת ישראל נ' ד"ר איתמר בורוביץ , פד"י נט (6) 776- בפס"ד זה בהמ"ש העליון ריכך מעט את ההלכה שנקבעה בפרשת יפת לעניין הגנה מן הצדק ואמר שלא רק במקרה של התנהגות זדונית, התעמרות ודיכוי הנאשם יעשו שימוש בנאשם אלא גם במקרה שההתנהגות של הרשות היא התנהגות רשלנית.
בפסק דין זה קבע בית המשפט 3 תנאים מצטברים להחלת הדוקטרינה:
ראשית, על בהמ"ש לזהות את הפגמים שהיו בהליך ולעמוד על עוצמתם. שנית, על בהמ"ש לבחון אם בקיום ההליך הפלילי חרף הפגמים יש משום פגיעה חריפה בתחושת הצדק וההגינות ולבחון למשל את עוצמת הראיות, נסיבותיהם האישיות של הנאשם, מידת הפגיעה ויכולת הנאשם להתגונן. ככל שהפגיעה גדולה יותר הנטייה תהיה לקבל את ההגנה. שלישית, מששוכנע בהמ"ש כי קיומו של ההליך כרוך בפגיעה בתחושת הצדק עליו לבחון האם ניתן לרפא את הפגמים באמצעים מתונים ומידתיים יותר (לדוג' ביטול ראיה, הקלה בעונש, הרשעה בעברה פחות חמורה).
עיקר פסק הדין הוא שאין צורך בזדון מצד הרשות גם פעולה רשלנית מצד המשטרה למשל שהביאה לפגיעה חמורה בזכותו של הנאשם להליך ראוי תספיק. לאחר פרשת בורוביץ החלו בתי המשפט להשתמש בדוקטרינה באופן נרחב יותר.
בשנת 2007, נעשה עיגון כאמור של טענת הגנה מן הצדק לחוק הישראלי. סעיף 149(10) לחסד"פ [נוסח משולב], התשמ"ב- 1982, קובע טענה מקדמית שעניינה: "הגשת כתב האישום או ניהול ההליך הפלילי עומדים בסתירה מהותית לעקרונות של צדק והגינות משפטית".
כיום נעשה בטענה מקדמית זאת שימוש נרחב, בין היתר כאשר היה שיהוי גדול בהגשת כתב אישום, כחלק מטענה של אכיפה בררנית, כשהוגש כתב אישום חרף שהוצג מצג שלטוני שהמעשה תקין, כאשר הוגש כתב אישום חרף הבטחה שלטונית שלא יועמד לדין.
את טענה זאת ניתן לטעון בכל שלב של ההליך אם סבור בא כוח הנאשם כי ניתן לבססה. ברבים מן המקרים, יבטל בית המשפט את ההליך המשפטי משמוצא שדין הטענה להתקבל משלא יכול להתנהל הליך הוגן כלפי הנאשם בנסיבות העניין.